دانشكده علوم پزشكي سپاه در سال 1369 با ادغام مجموعه مركز بهداري كل سپاه و دانشكده پيراپزشكي دانشگاه امام حسين(ع) و با هدف تربيت و تأمين كادر بهداشتي درماني مورد نياز سپاه، تشكيل و پس از دريافت مجوزهاي لازم در مقاطع و رشته‌هاي مختلف تحصيلي شروع به فعاليت نمود. با افزايش تعداد دانشجويان و گسترش رشته‌ها و دوره‌ها ستاد مشترك سپاه طي نامه‌اي به وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشكي خواستار صدور مجوز دانشكده‌هاي بهداشت، پرستاري و پزشكي شد كه پس از بررسي‌هاي كارشناسي توسط وزارت مذبور با تأسيس دانشكده‌هاي فوق موافقت گرديد. پس از حدود سه سال فعاليت تحت عنوان دانشكده علوم پزشكي و با وجود سه دانشكده مصوب، ايجاد دانشگاه علوم پزشكي توسط ستاد مشترك سپاه از وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشكي درخواست گرديد. وزارت مذبور پس از بررسي‌هاي كارشناسي در شصت و ششمين اجلاس مورخ 22/10/72 شوراي گسترش دانشگاههاي علوم پزشكي با ايجاد دانشگاه علوم پزشكي سپاه موافقت نمود و متعاقب آن مراتب توسط ستاد مشترك سپاه جهت گردشكار به محضر مبارك مقام معظم فرماندهي كل قوا به ستاد كل نيروهاي مسلح منعكس شد و معظم‌له در مورخ 17/12/73 با گردشكار شماره 32318 ستاد كل نيروهاي مسلح مبني بر تشكيل دانشگاه علوم پزشكي سپاه موافقت فرمودند و مراتب توسط ستاد كل نيروهاي مسلح به سپاه ابلاغ و ايجاد دانشگاه رسميت يافت. با ابلاغ رياست محترم ستاد مشترك سپاه، طرح جامع دانشگاه در دستور كار قرار گرفت و برابر وظايف قانوني، مأموريت انجام اين طرح به معاونت طرح و برنامه و بودجه دانشگاه واگذار شد.